此后的九十回里，主要叙述孙悟空保唐僧取经降魔捉怪经历九九八十一难的过程，为的是完成主题和塑造艺术形象的需要。其故事内容丰富多彩，情节丝丝入扣既工且巧，严谨多变，暗寓哲理，层层递进。例如，在九十回的庞杂的内容中，（概括分类）

即使在最后几回，《西游记》的故事的情节也是十分严谨的。这主要表现在其取经回朝后，唐僧李世民接见四众的情节上。这个情节写李世民尊佛之诚，不惜笔墨。它以《圣教序》为重点，对唐僧等取经的丰功伟绩给予崇高评价，对佛教的博大精深及其教化作用予以详细透彻地阐释，实事求是地肯定佛教在教化愚顽、开省蒙昧揭示玄妙探讨微观中的价值，并在结构上和内容上与全书的开头诗、佛祖决意传经至南瞻部洲，唐太宗送唐僧西天取经的情节相呼应，而使全书所有内容浑然一体，圆融谨严。

最后，写五圣成真，是从主题上呼应全书立意，并非闲笔。因为假如没有五圣成真成才，则孙悟空等所经历的经历的九九八十一难的磨砺就没有结果，就无所立足，就没有什么意义，全书的所有内容就成了无首之龙，无本之木。为了强化这方面的含义，作者还专门写了孙悟空要唐僧摆脱紧箍咒的细节。他说：“师父，此时我已成佛，与你一般，莫成还要我戴紧箍儿，你还念什么《紧箍咒儿》掯勒我？趁早儿念个《松箍咒儿》，脱下来，打得粉碎，切莫叫那什么菩萨去捉弄人。”悟空这段话，有人可能认为是挑侃，实则不然，这实际上是全书所寓事理的关键所在。为什么？你想，孙悟空从野性十足不服管教，无法无天，不遵秩序到一心一意保唐僧西天取经，最终获取正果靠什么？当然要靠他的大无畏的斗争精神和嫉恶如仇的性格，但能使这一切产生作用，闪烁光辉的内在因素却是因为菩萨给他戴了紧箍儿，没有金箍儿，唐僧管他不得，他就会一事无成。一滴水愿意自由，自己跳出了大海，落到岸上，结果一会儿就干枯了。一小溪里的水，埋怨溪岸限制了它们的自由，溪岸只好松开臂膀，让他们自由，结果，十天过去，这些水还只能在原地煎熬，一点一点被太阳吸干。一滴水只有在大海里才能永生，一条小溪，只有在堤岸的管束下才能奔向大河，大海获得永恒。