自然辟谷养生的原理，如果把人的肝脏看成是一个生化工厂，既是消化器官，也是解毒器官，正常人进食后，无论有毒无毒的成人，都要肝脏分解或化合处理后才能进入人体血液，辟谷由于进食很少，肝脏负担变轻，会回过头来清除血液里的毒素，使毒素深度降低，同时合成有益于身体免疫的活性物质。例如，辟谷后，血液中高密度指蛋白会升高，高密度脂蛋白能降低血脂，修复血管硬化，逆转冠心病、高血压。
自然辟谷养生还具有更深的一层意义，它不是纯粹的挨饿，而是具备了练功而带来的特殊效果。中国辟谷理论认为每个人的身体都有一套饮食系统和食气系统。饮食系统就是我们日常一直在用的，比如说整个的消化系统；而自然辟谷是用一套方法，关闭饮食系统系统（同时使胃酸停止分泌），开启食气系统。在这个状态下，大脑始终处在一种全新的功能态，体能和潜力得到了充分的调节和发挥，身体方面的负荷得到减轻，元神得到最充分的运用和发挥，脑细胞的功用充分得到调动，因此，人与自然宇宙沟通活跃，外界的多种信息源源不断地输入大脑，此即“天人合一”。因此，人在这个状态下，即使好几天不进食，也不会感到饥饿，体力和精神状态反而会加强。这些表现在肢体灵活、双目有神、头脑清晰、思维敏捷，记忆力增强、理解力增强、意志力和忍耐力也大大加强，极易启发和诱发人体种种潜能。
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